למה יש כל כך הרבה מחלוקות?

שלום לך.
ראשית, [חשוב לזכור שהמחלוקות בין שומרי המצוות אינם בעיקרים]. כולם מאמינים בי"ג עיקרי האמונה – מציאות ה', שכר ועונש, תחיית המתים וכו'; כולם קיבלו על עצמם את תרי"ג המצוות – לימוד תורה, שמירת שבת, כשרות וכו'. אפשר כמובן לפרט זאת להרבה מאוד מאוד כללים ופרטים.
[מחלוקת יכולה להיות דבר חיובי] – כל אחד אומר את דעתו, וכך אפשר לדון בצדדים השונים שבכל דבר ולהגיע למסקנה אמיתית וכוללת (עי' בסידור עולת ראיה, לראי"ה קוק, על מה שאומרים בסוף תפילת שחרית 'תלמידי חכמים מרבים שלום בעולם').
זה שיש מנהגים שונים, למשל לאשכנזים ולספרדים, אינו בהכרח דבר רע. לכל מנהג יש את השורש שלו והטעם המיוחד שלו. זה אפילו יכול להיות מיוחד שבעם ישראל יש כל מיני דרכים, כל עוד כולם בנויים על אותו בסיס – כלומר על האמונה בתורה ובתרי"ג מצוות. ה'שולחן ערוך' התקבל בכל קהילות ישראל, וההבדל הוא רק בהוספות שונות שעל גביו. האשכנזים למשל, קיבלו עליהם את הגהות הרמ"א על השולחן ערוך, אך עדיין כולם מאוחדים סביבו.
לכן אין לומר שכל אחד יכול לפרש את התורה כרצונו. יש בסיס עקרוני שמחייב את כולם. יש תרי"ג מצוות כפי שמסרו לנו חז"ל בגמרא, וזה מוסכם על כולם. אין מי שלא קיבל את הגמרא או חולק עליה. מעבר לכך, בפרטים, יש דעות שונות (עי' על כך בהקדמת הרמב"ם למשנה).
וגם ביחס לחילוקי הדעות בפרטים, [יש להבחין בין מחלוקת לבין פירוד. ]
הבעיה היא כאשר נוצרים פירודים וריבים. כאשר אין אחווה, וכמו שכתבת – רוצים להרוג אחד את השני.
בעם ישראל כיום, לא יהיה נכון לומר שכולם רבים אחד עם השני. אצל החסידים יש הרבה חסידויות שנמצאות בקשר מצוין זה עם זה, וגם מתחתנים זה עם זה. בציבור החרדי יש פחות ופחות הבדלה בין אשכנזים לספרדים, למרות הבדלי המנהגים, וכיום אפשר למצוא בכל ישיבה חרדית שילוב של אשכנזים וספרדים. בציבור הדתי לאומי, יש גוונים שונים, אך באופן כללי אין שנאה ויש גם הידברות בין דעות שונות. הבעיה היא שלפעמים מי שעושה רעש זה דווקא אלה מהשוליים, ולכן זה לפעמים יוצר אוירה שככה זה אצל כולם.
אבל נכון שיש גם פירודים, וזה באמת עצוב וחבל מאוד, וכל אחד יכול לתרום מעט בנושא הזה. אם הוא נתקל במישהו 'אחר', שונה ממנו, לדאוג שלא יווצר ריחוק ופירוד. לנסות תמיד להימנע ממחלוקת ומלשון הרע על ציבור אחר.
(בדרך אגב, גם הפירוד שקיים, שהוא דבר שלילי, נובע מגרעין חיובי. לעם ישראל יש תכונה של דבקות באמת. הוא לא מתפשר על חצאי-אמיתות ודורש את האמת כולה. לכן יש כל כך הרבה דעות, כי אם אני מאמין במשהו מסוים, אני לא יכול להתעלם מכך ולהסכים לדעה שלך. לכן אצלנו יש כל כך הרבה מפלגות ודעות, ובארה"ב, הגדולה מאיתנו במספרים פי כמה, יש פחות. (רעיון זה מובא ב'שם משמואל' על הפסוק "ויחן שם ישראל").
התכונה הזאת ביסודה היא טובה, והבעיה היא, כמו שאמרנו, כאשר הופכים את זה לפירוד וריב.

קישורים נוספים:
האם לעתיד לבוא לא יהיו מחלוקות? https://www.kipa.co.il/ask/show.asp?id=29765
https://www.kipa.co.il/ask/show.asp?id=13947
תשובה של הרב שמואל אליהו: https://www.kipa.co.il/ask/show.asp?id=29301
שיעור של הרב אבינר: http://www.yeshiva.org.il/midrash/shiur.asp?id=15